Фамилия Крашеннинеков — наглядный пример того, как в русском языке сложилась необычная словообразовательная цепочка. В основе лежит слово «крашенина» — так в старину называли грубый окрашенный холст, домотканое полотно, пропитанное краской. Человек, который занимался окрашиванием такой ткани, получал прозвище Крашенинник, а его сын или потомок — фамилию Крашенинников. В вашем случае появилась двойная буква «н»: Крашенниннеков. Скорее всего, это результат позднейшего искажения при записи или просто описка в паспортном столе, ведь в XIX веке грамотность была не поголовной, и писарь мог механически удвоить «н» по аналогии с другими фамилиями.

Суффикс «-еков» (вместо стандартного «-ов») указывает на то, что перед нами вариант, характерный для южнорусских или украинских говоров, где часто смягчали окончания. В центральной России фамилия звучала бы как Крашенинников, а здесь, на юге, её переделали на свой лад. Таким образом, Крашеннинековы — это потомки красильщика, мастера по окраске тканей, но с региональной особенностью в произношении и написании.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и не напрямую от ремесла. В некоторых говорах «крашенинником» называли не только красильщика, но и торговца крашениной или просто человека, одетого в такую грубую одежду. Однако первая версия — профессиональная — остаётся основной, поскольку ремесленные фамилии в России были массовыми и устойчивыми. Встречается фамилия крайне редко, что подтверждает её «штучное» происхождение: вероятно, она закрепилась в одной-двух деревнях, а потом разошлась по родственникам.

С точки зрения ударения, логично ставить его на второй слог: Кра́шеннинеков, хотя в быту могли говорить и Крашеннине́ков, подравнивая под ритм других фамилий на «-ов». Споров о корне нет: «краш-» от глагола «красить», и это единственная прозрачная версия. Сравните с однокоренными Красильников, Крашенинников — все они из одного профессионального гнезда, но ваша фамилия выделяется двойной ошибкой в написании, которая стала её отличительной чертой.