Фамилия Краснобородин — потомок того, кого в старину прозвали Краснобородым. Прямой и прозрачный смысл: человек с красной бородой. В русском языке слово «красный» в прозвищах чаще всего означало рыжий цвет, а не алый. Борода в допетровской Руси была не просто деталью внешности, а знаком зрелости и социальной полноценности. Лишить бороды могли в качестве унизительного наказания, поэтому прозвище, данное по её цвету, было заметным и цепким.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе на -а/-я. Краснобородый → Краснобородин. То есть «чей сын?» — Краснобородина. Это ставит фамилию в один ряд с другими «цветными» прозвищами: Чернобородин, Седобородин, Белобородов (где суффикс -ов, так как основа на твёрдый согласный).

Интересная деталь: в отличие от фамилии Белобородов, где форма на -ов встречается чаще, Краснобородин закрепился именно с суффиксом -ин. Это может говорить о том, что прозвище Краснобородый бытовало в среде, где адъективная модель (от прилагательного) была привычнее, чем субстантивная (от существительного «борода»). Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда» — носители есть и на севере, и в центральных областях, что неудивительно для прозвища, данного по внешнему признаку.