Фамилия Краснодар — редкий случай, когда за основу взято не имя, не прозвище и не ремесло, а название города. Такие фамилии в русской ономастике называют «топонимическими»: их давали людям по месту рождения или долгого жительства. Краснодар — город относительно молодой (основан в 1793 году как Екатеринодар, переименован в 1920-м), поэтому фамилия не могла появиться раньше второй половины XX века. Это указывает на то, что носитель или его близкие предки имели прямое отношение к кубанской столице: родились там, переехали или были с нею связаны по службе.

Словообразовательная модель проста: к основе «Краснодар» прибавили нулевой суффикс, то есть фамилия совпадает с названием города. В русской традиции так образуются фамилии у выходцев из сёл и городов (Москва, Рязань, Вологда), но для Краснодара это скорее исключение, чем правило. Обычно от названий городов делали фамилии с суффиксами -ский/-цкий (Краснодарский) или -ов/-ев (Краснодаров). Вариант без суффикса встречается реже и мог возникнуть при поздней паспортизации, когда записывали так, как человек сам себя назвал, или при переезде в другую местность, где хотели подчеркнуть происхождение.

Можно предположить, что фамилия Краснодар — не древняя, а советского или постсоветского времени. Она не фиксируется в дореволюционных списках и метрических книгах, потому что сам город тогда назывался иначе. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) подобные «прямые» топонимические фамилии рассматриваются как продукт XX века, когда массовая миграция и паспортная система упростили перенос названий в фамилии. По сословной принадлежности — скорее всего, крестьянская или рабочая, поскольку дворянство к тому времени уже не формировало фамилии по новым городам.

Единственная деталь, которая отличает эту фамилию от десятков других «городских»: она сохраняет память о советском переименовании Екатеринодара в Краснодар в 1920 году. В отличие от фамилий вроде «Москвин» или «Питеров», здесь нет суффикса, указывающего на принадлежность («чей?»). Краснодар — это не «чей-то сын из Краснодара», а сам город как личный идентификатор. Такие фамилии часто давали детям, родившимся в эвакуации или после войны, чтобы закрепить связь с родным местом, которое семья покинула.