Фамилия Краснорутская — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка первична, а не прозвище. Вопреки интуиции, здесь нет ничего про «красный рот». Основа «Рут» указывает на топоним, скорее всего, на реку Рут (приток Сейма в Курской области) или на село с похожим названием. Первая часть «Красно-» в таких фамилиях обычно означает «красивый» (от древнерусского «красный» — красивый, хороший), а не цвет. То есть Краснорутская — это «та, что с Красного Рута» или «с красивой реки Рут».

Суффикс -ск- типичен для дворянских и шляхетских фамилий, образованных от названий владений. В Российской империи фамилии на -ский/-цкий часто получали выходцы из духовенства и мелкопоместные дворяне, особенно на западе и юго-западе страны. Краснорутская могла возникнуть как фамилия помещиков, владевших деревней Краснорутское, или как семинарская фамилия, данная выпускнику из тех мест. Второй вариант правдоподобнее: духовные училища нередко «облагораживали» фамилии учеников по названиям их родных сёл.

Мужской вариант — Краснорутский — встречается в документах по Курской и Орловской губерниям, что подтверждает связь с рекой Рут в бассейне Сейма. Женская форма Краснорутская появилась как естественное производное от мужской, когда фамилия стала передаваться по наследству. С точки зрения словообразования это типичная «украинско-польская» модель: прилагательное с окончанием -ский, которое в женском роде звучит как -ская.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Рутский, Зарутский — тоже привязаны к тому же гидрониму. В отличие от них, Краснорутская сохранила «цветовую» приставку, которая в старых документах могла писаться через «о»: Красна-Рутская. Со временем написание слилось, и фамилия стала звучать так, будто описывает внешность, хотя на самом деле описывает место.