Фамилия Красношеин произошла от прозвища Красношея. В основе лежат два слова: «красный» и «шея». Но не спешите представлять человека с красной шеей: в древнерусском языке «красный» означало «красивый» (от слова «краса»). Так что прозвище, скорее всего, указывало на внешнюю примету — красивую шею. Слово «красный» в значении «красивый» было широко распространено, и это объясняет, почему прозвище могло быть скорее комплиментом, чем насмешкой.

Первое документальное упоминание об однокоренном именовании относится к 1609 году: известен крестьянин Марк Красношея из города Юрьева. Это говорит о том, что прозвище бытовало на северо-западе Руси, в районе современной Новгородской области. Со временем прозвище Красношея закрепилось как основное именование человека, а затем, по русской традиции, перешло в фамилию с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Красношеин, то есть сын или потомок Красношеи.

Суффикс -ин — один из самых распространённых в русских фамилиях, он образует притяжательные формы от основ на -а/-я. В данном случае основа «Красношея» дала фамилию Красношеин, что типично для прозвищ, оканчивающихся на гласный. Однокоренные фамилии — Красношей, Красношейкин, Шеин — встречаются реже, но все они восходят к той же модели описания внешности.