Фамилия Краснухин образована от прозвища Краснуха. В основе лежит прилагательное «красный», но не в современном значении цвета, а в древнерусском — «красивый, хороший, добрый». Однако в вятских говорах, где фамилия встречается особенно часто, Краснухой называли прежде всего румяного человека — того, у кого лицо всегда горело здоровым румянцем. Такая внешняя черта бросалась в глаза и легко закреплялась в качестве уличного прозвища.

Впрочем, прозвище могло относиться и к характеру. «Красный» в народной речи означало также «веселый, пригожий, ладный». Краснухой могли прозвать добродушного, открытого человека, с которым приятно иметь дело. Таким образом, прозвище указывало либо на внешность, либо на внутренние качества — а иногда и на то и другое сразу.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Краснух- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Краснухин буквально означает «сын Краснухи», то есть потомок человека, носившего это прозвище. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены.

С точки зрения словообразования интересно, что основа Краснух- содержит суффикс -ух-, который в русских прозвищах часто придавал оттенок просторечности или уменьшительности. Сравните: Грязнуха, Толстуха, Хрипуха. Краснуха — не исключение: это не официальное имя, а бытовое, деревенское прозвище, которое давали в своей среде.

В ономастике фамилия Краснухин не вызывает споров: версия происхождения от прозвища, связанного с внешностью или характером, признаётся основной и наиболее правдоподобной. Альтернативные гипотезы, например связь с названием болезни «краснуха», маловероятны — такое прозвище вряд ли дали бы в народе, так как болезнь ассоциировалась с чем-то неприятным, а не с отличительной чертой человека.