Фамилия Краснухины — это типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища. В её основе лежит слово «краснуха», которое в вятских говорах означало румяного, краснощёкого человека. Прозвище давали по внешности: яркий цвет лица, здоровый румянец — такие приметы бросались в глаза и легко закреплялись за человеком. Впрочем, «красный» в старом русском языке означало не только цвет, но и «красивый», «хороший», «парадный». Поэтому нельзя исключать, что прозвище могло нести и положительную оценку характера или поведения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Краснухин буквально значит «сын Краснухи». Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, наряду с -ов/-ев. По такой же схеме образованы, например, Глазунов или Рыжов — фамилии, тоже связанные с внешностью. Интересно, что в отличие от фамилии Краснов (от прилагательного «красный»), Краснухин сохранила более разговорную, прозвищную форму — с уменьшительно-бытовым суффиксом -ух(а).

Точное время и место возникновения фамилии установить сложно. Процесс закрепления фамилий на Руси растянулся на несколько столетий: у крестьян он завершился только к концу XIX века. Можно предположить, что Краснухины вышли из северных или центральных губерний, где вятские говоры и слово «краснуха» были в ходу. Встречаются также однокоренные варианты — Краснухин, Краснушкин, Краснухинский, но именно форма на -ин осталась самой частотной.