Фамилия Краснухина образована от прозвища Краснуха. Самое прямое объяснение — внешность: в вятских говорах Краснухой называли румяного, краснощёкого человека. Но это не единственная возможность. Слово «красный» в древнерусском языке означало не только цвет, но и «красивый», «парадный», «лучший». Поэтому прозвище Краснуха могло указывать и на стать, и на добротность, и на праздничный нрав человека.

С точки зрения словообразования фамилия следует типичной для русских фамилий модели: прозвище на -ух- (как Толстуха, Чернуха) плюс суффикс принадлежности -ин. Форма Краснухина — это женский вариант, а мужской — Краснухин. Такие фамилии на -ин обычно закреплялись за потомками человека, которого в округе знали по этому прозвищу.

Стоит заметить, что в отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, модель с суффиксом -ин чаще встречается в северных и северо-восточных регионах России, что хорошо согласуется с вятским происхождением прозвища. В документах XVII—XVIII веков фамилия могла записываться и как Краснухин, и как Краснухина — в зависимости от пола носителя, но в современном употреблении за женской линией закрепилась форма на -а.

Никакой связи с болезнью «краснуха» у фамилии нет: медицинский термин появился в русском языке только в XIX веке, а прозвище старше на несколько столетий.