Фамилия Краснякова образована от прозвища Красняк, которое восходит к прилагательному «красный». В старину это слово имело более широкий спектр значений, чем сегодня. Прозвище могло указывать на внешность — человека с румяным лицом или рыжими волосами (красный в значении «рыжий»), а также на характер: «красным» называли красивого, молодца или, напротив, того, кто любил покрасоваться. Красняк — типичная модель для прозвищ, образованных от качественных прилагательных с помощью суффикса -як: ср. Добряк, Здоровяк, Глупяк.

Суффикс -ов- в фамилии Краснякова указывает на принадлежность: «сын Красняка». По этой модели в XVI–XVII веках формировались основные массы русских фамилий, особенно в среде крестьян и служилых людей. Фамилия закрепилась в женской форме Краснякова, хотя мужской вариант — Красняков.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где слово «красный» в значении «красивый» сохранялось дольше, чем на севере. Встречается и однокоренная фамилия Красняк без суффикса -ов — она могла остаться в среде, где фамилии ещё не стандартизировались по патронимической модели.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Красняка связывают с названием села Красное или Краснянка, но прозвищное происхождение кажется более прямым: слишком много носителей фамилии встречается за пределами таких топонимов. В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии на -як отнесены к разряду прозвищных, образованных от прилагательных, и это самый надёжный путь объяснения.