Фамилия Крайкова — женская форма фамилии Крайков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Самая вероятная и прозрачная версия связывает фамилию с прилагательным «крайний» или существительным «край». В русских говорах «крайкой» или «крайним» могли называть человека, живущего на краю села, на окраине, или того, кто пришёл с края, с границы земель. Прозвища по месту жительства — один из древнейших пластов русских фамилий, и Крайков в этом ряду стоит рядом с Задворновым, Закрайским или Окрайкиным.

Суффикс -ов в основе Крайков указывает на типичную патронимическую модель: «чей?» — сын Крайка. То есть Крайко — это не полное имя, а обиходная форма прозвища или уменьшительное от канонического имени. Впрочем, есть и другая гипотеза, менее распространённая: Крайко могло быть вариантом имени Край, которое в некоторых областях давали ребёнку, родившемуся последним, «крайним» в семье. Эта версия подкрепляется тем, что в старых переписных книгах встречаются прозвища типа «Край» или «Крайко» именно в значении «последыш».

С географической точки зрения фамилия Крайкова не имеет узкой привязки к одной губернии — она встречается и в центральных областях России, и на севере, и в Поволжье. Это говорит о том, что прозвище было нарицательным и возникало в разных местах независимо. Однако стоит обратить внимание на одну деталь: в некоторых говорах «крайка» означала не только границу, но и край одежды, подол, а также особый вид ткани. Если прозвище пошло от ремесла, то предок Крайков мог быть ткачом или портным, работавшим с «крайкой» — каймой, тесьмой. Эта версия менее вероятна, но полностью исключать её нельзя, так как в ономастике нередки случаи перехода названия предмета быта в прозвище.

Таким образом, фамилия Крайкова, скорее всего, образована от прозвища, данного по месту жительства или по порядку рождения. Предки современных носителей фамилии могли быть крестьянами или посадскими людьми, жившими на отшибе, либо младшими детьми в семье.