Фамилия Кречуненко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась по всей Левобережной Украине, а затем и за её пределами. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно означал «сын» или «потомок», поэтому Кречуненко — это буквально «сын Кречуна». Исходная основа — прозвище или мирское имя Кречун.

Корень фамилии — «креч-» — связан с украинским словом «креч», то есть «кречет». Кречет — крупная хищная птица из семейства соколиных, ценимая в соколиной охоте. Прозвище Кречун могли дать человеку с острым, «хищным» взглядом, быстрому и ловкому, либо тому, кто занимался ловлей или содержанием этих птиц. В украинских говорах слово «креч» могло также означать «крик», «шум» — тогда прозвище относилось к человеку громкому, крикливому. Впрочем, первая версия — птичья — встречается чаще и правдоподобнее.

Географически фамилия Кречуненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины: Черкасской, Полтавской, Киевской. Встречается и в южных регионах, куда в XIX веке переселялись крестьяне. На западе Украины, где преобладали фамилии на -ук и -юк, эта форма редка.

Интересная деталь: в русских документах фамилию могли записывать как Кречуненков, добавляя типично русский суффикс -ов, что не меняло смысла, но подчёркивало адаптацию к иной языковой среде. Встречаются и варианты с ударением на первый слог — Кречуненко, хотя нормативным считается ударение на предпоследний слог, как у большинства фамилий на -енко.

Сословно Кречуненко — фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая. В реестрах запорожского казачества XVII века встречаются прозвища от птиц (Кречет, Сокол, Ястреб), и их производные в форме на -енко могли фиксироваться уже в XVIII столетии. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано — это фамилия простых людей, что и делает её живой и подлинной.