Фамилия Крестюган — редкая и нестандартная по словообразованию. В глаза сразу бросается суффикс -юган, который почти не встречается в типичных русских фамилиях на -ов, -ев или -ин. Этот суффикс характерен скорее для украинских или южнорусских говоров, особенно в донских и кубанских землях, и часто несёт оттенок принадлежности или прозвищного происхождения.

Корень фамилии — «крест». Самый простой и очевидный путь: предок получил прозвище Крестюга (или Крестюган) за то, что носил крест, делал кресты или имел какое-то отношение к церковной атрибутике. В русских говорах слово «крестюга» могло означать человека, который постоянно носит нательный крест навыпуск, или же того, кто ставил кресты на могилах. Однако есть и другая версия, менее заметная на первый взгляд.

В некоторых диалектах «крестюга» или «крестюган» — это не про христианский символ, а про перекрёсток, развилку дорог (от «крест» в значении «пересечение»). Тогда прозвище мог получить человек, живший на перекрёстке, у распутья, или же тот, кто указывал дорогу. Такая географическая привязка встречается нечасто, но для фамилий с редким суффиксом она правдоподобна.

Модель образования: основа «крестюг-» плюс суффикс -ан. В украинской и южнорусской традиции суффикс -ан (как в фамилиях Костюган, Пантюган) придаёт прозвищу оттенок грубоватой принадлежности: Крестюган — это «сын или человек Крестюги». Фамилия не получила типичного окончания -ов, потому что закрепилась в той форме, в которой её записали в реестры: как усечённое прозвище, без добавления патронимического суффикса. Это указывает на то, что носители фамилии, скорее всего, происходят из среды, где фамилии оформлялись по украинскому или казачьему образцу — напрямую от прозвища.

В документах фамилия Крестюган почти не встречается за пределами юга России и востока Украины. Единичные носители зафиксированы в Ростовской области и в Краснодарском крае. По сословной принадлежности сказать что-то определённо сложно: такие фамилии могли носить как крестьяне, так и казаки, но именно казачья среда часто сохраняла редкие суффиксальные формы без русификации.