Фамилия Крищенко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, самый распространённый на востоке и в центре Украины, буквально означает «маленький» или «сын» (вроде русского -ович). Поэтому Крищенко — это «сын Криста».

В основе лежит имя Крист — просторечная, народная форма церковных имён Христофор (с греческого — «носящий Христа») или Хрисанф («златоцветный»). Такое упрощение — обычное дело: полные имена в быту ужимали до коротких и удобных форм, которые и становились фамилиями. Чередование ст/щ (Крист → Крищенко) — результат палатализации, то есть смягчения звука, характерного для украинской фонетики. Так «Кристов сын» превратился в Крищенко.

Менее убедительная версия возводит фамилию к женскому имени Христина (от греческого «христианка»). Но тогда логичнее было бы ждать формы вроде Крищенков или производных с другим суффиксом. Мужская основа — имя Крист — выглядит правдоподобнее, тем более что в украинской традиции фамилии от мужских имён встречаются в разы чаще, чем от женских.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в основном за дворянством и крестьянством центральной России, фамилии на -енко исторически были достоянием казачества и свободных крестьян южнорусских земель. Крищенко мог носить человек из казацкой среды, чей предок носил имя Крист — не календарное, а бытовое, народное. Сейчас фамилия встречается как на юго-востоке Украины, так и в приграничных областях России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские казаки.