Фамилия Кристофор — редкий пример, когда русская фамилия по форме почти неотличима от полного канонического имени. В то время как большинство фамилий образовано через суффиксы (Иванов, Петров) или прозвища, Кристофор застыла в виде самого имени, без каких-либо усечений или русификации. Это сразу указывает на её позднее происхождение и, скорее всего, нерусские корни носителя.

Имя Христофор (греч. Χριστόφορος — «несущий Христа») пришло на Русь с крещением, но в народном быту почти не употреблялось — его вытесняли более привычные Кристофор или, в просторечии, Кристофорка. Фамилия же, скорее всего, возникла в среде духовенства. В семинариях XVIII–XIX веков было принято давать будущим священникам «искусственные» фамилии по церковным праздникам, именам святых или по греческим корням. Кристофор могла быть присвоена выпускнику семинарии в честь святого Христофора — мученика, которого на иконах иногда изображали с песьей головой (по легенде, он был из племени кинокефалов).

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — фамилия могла остаться у потомков выходцев из греческих или южнославянских земель, где имя Кристофор (или Кристофоро) было распространено как личное. В таком случае она не искусственная, а патронимическая: сына Кристофора в документах записывали просто по отцу, без суффикса — явление, типичное для украинской, белорусской и польской традиции (сравните: Микола, Гаврило). В русском же языке фамилии без суффикса (вроде Матрос, Коваль) обычно указывают на прозвище, а не на имя.

Фамилия крайне редкая. Встретить её можно в южных и западных регионах бывшей Российской империи, а также в среде потомков духовенства. Из-за своей исходной формы она часто подвергалась искажению: в документах XIX века нередко встречаются написания Кристофоров, Кристофорский — так переписчики пытались «причесать» фамилию под привычный стандарт.