Фамилия Крисьян — довольно редкая и звучит не по-русски. Её основа и суффикс сразу выдают нерусское, скорее всего, украинское или молдавское происхождение. В русском языке такие фамилии на -ян обычно армянские, но здесь случай иной: перед нами не армянский патроним, а украинская или южнорусская фамилия, образованная через суффикс -ян, который в украинском языке (и в соседних говорах) мог заменять более привычное -юк или -енко, особенно на западе Украины и в Молдове.

Основа фамилии — личное имя Крись, которое является народной, сокращённой формой от крестильного имени Кристиан (или Христиан). В православной традиции это имя соответствует имени Христофор или, реже, Христина (для женщин). Однако в западных областях Украины, а также у молдаван и румын, имя Кристиан (Cristian) было распространено шире, чем в центральной России. Со временем в бытовой речи оно сократилось до Крись, и от этой формы по модели «чей сын?» — Крисьян (то есть «Крисьев») и возникла фамилия.

Таким образом, Крисьян — это патронимическая фамилия, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Крися, потомок человека по имени Крись. Фамилия фиксируется преимущественно в западных областях Украины (Волынь, Подолье), а также в Молдове и среди украинской диаспоры. В России она встречается редко и часто воспринимается на слух как армянская, хотя к армянскому языку отношения не имеет — армянский суффикс -ян присоединяется к другим основам.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Крись, которое в южнорусских говорах иногда давали человеку с хриплым голосом (от «хрипеть», «крипеть»). Но в этом случае ожидалась бы фамилия Крисьев или Криськин, а форма на -ян указывает на украинскую или молдавскую среду, где имя Крись было именно вариантом Кристиана. Поэтому первая версия — основная.

В написании фамилии возможна вариативность: через «и» (Крисьян) или через «ы» (Крысьян), что отражает местные особенности произношения. В официальных документах чаще встречается вариант с «и». Сословно фамилия не маркирована: её могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки, — никакого указания на дворянство или духовенство в ней нет.