Фамилия Кроха чаще всего происходит от нецерковного домашнего имени Кроха. В русских семьях ребенка так и называли — ласково, по-свойски, без всякой связи с крестильным именем. Такие имена-прозвища были повсеместны: ими подчёркивали возраст, размер или отношение к младенцу.

Менее правдоподобна версия, что Крохой прозвали очень бедного человека — по ассоциации с крохами, то есть мелкими кусочками, объедками. Слабость этой гипотезы в том, что прозвища редко строились на унизительных сравнениях с едой, если только речь не шла о жадности или скупости. Для бедности в русских говорах существовали другие, более прямые прозвища.

Фамилия образована по простейшей модели: нецерковное имя Кроха перешло в разряд фамилий без дополнительных суффиксов — путём чистого усечения (Кроха). Это редкий случай для русских фамилий, которые обычно оформлялись суффиксами -ов/-ев, -ин или -ский. Такая форма сохранилась в основном у выходцев из южнорусских и украинских земель, где бессуффиксные фамилии встречаются чаще.

По сути, фамилия Кроха — прямой наследник того самого ласкового обращения, которым мать называла своего ребёнка. В ней нет ни ремесла, ни сословной отметки, а есть только бытовая интонация русской семьи.