Фамилия Крохин образована от нецерковного имени Кроха. В русской традиции такие имена давали не при крещении, а в быту — ласково, по возрасту или внешности. Ребёнка, особенно младшего, самого маленького в семье, часто называли просто Кроха, и это обращение закреплялось за ним на всю жизнь. Позже от этого имени-прозвища с помощью суффикса -ин образовали фамилию, которая буквально означала «сын Крохи» или «человек из рода Крохи».

Существует и другая версия, но она менее правдоподобна: будто бы прозвище Кроха могли дать очень бедному человеку, у которого «ни крошки за душой». Однако в ономастике такие объяснения встречаются реже, чем связь с семейным, уменьшительным именем, — ведь называть бедняка «крохой» звучит скорее насмешливо, а фамилии обычно возникали из нейтральных или ласковых домашних прозвищ.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: так образовывали фамилии от основ на -а/-я. По этой же модели возникли, например, Кожин, Птицын, Малинин. Фамилия Крохин — типичный образец русской «патронимической» фамилии, где в основе лежит личное имя или прозвище отца.

Среди известных носителей — Олег Николаевич Крохин, российский физик, член-корреспондент РАН, автор трудов по физике лазеров и плазмы. Его фамилия — не случайное совпадение, а прямое указание на предка, которого когда-то в семье ласково звали Крохой.