Фамилия Крохотина — это история о том, как в русских семьях называли самого младшего, «последыша». В её основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Крохота, которое напрямую связано со словом «крохотка» — кроха, крошка, мелочь. Владимир Даль в своём словаре трактует «крохотку» именно как «кроху, крошку», подчёркивая значение чего-то малого и нежного.

Чаще всего Крохоткой называли младшего ребёнка в большой семье. Традиция давать имена по порядку рождения (Первушка, Вторак, Третьяк, Меньшой, Послед) была повсеместной на Руси — так проще было различать детей в быту, пока не закрепилось постоянное имя. В этом контексте Крохота — ласковое, почти обережное именование для самого маленького, «крохи». Не исключено, что прозвище закреплялось и за взрослым человеком невысокого роста, указывая на его внешность, но первичное, «детское» значение кажется более правдоподобным.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Крохот- добавился суффикс принадлежности -ин, указывающий на то, что человек относится к роду Крохоты. То есть Крохотина — дочь или жена Крохоты. В старину это звучало как ответ на вопрос «Чей будешь?»: «Крохотина» (из семьи Крохоты). Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где такие прозвища от порядковых и уменьшительных имён были особенно распространены. Интересно, что однокоренные фамилии — Крохин, Крохинский, Крохоткин — выдают ту же «крошечную» основу, но каждая из них могла закрепиться в разных говорах и при разных обстоятельствах.