Фамилия Крохотин происходит от прозвища или нецерковного имени Крохота. В его основе лежит слово «крохотка»: у В. И. Даля оно означает «кроха, крошка», то есть нечто очень маленькое. Чаще всего так называли младшего, последнего ребёнка в семье — обычай давать имена по порядку рождения (Первой, Третьяк, Меньшой) был на Руси повсеместным.

Возможен и другой вариант: Крохотой могли прозвать невысокого, мелкого человека. В этом случае прозвище указывало на внешность, а не на возраст. Обе версии правдоподобны, и обе укладываются в модель образования древнерусских имён-характеристик.

Суффикс -ин в фамилии Крохотин — стандартный патронимический показатель: он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Крохоты». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. Среди однокоренных — Крохин, Крохоткин, Крохинский, но Крохотин отличается именно суффиксом, указывающим на конкретное имя-основу, а не на уменьшительную форму.

В словарях фамилия нечаста, что подтверждает её исконно прозвищное, а не книжное происхождение: она сложилась в крестьянской или посадской среде, где прозвища давались по живому признаку, а не по святцам.