Фамилия Крохотин образована от имени Крохота, которое, вероятнее всего восходит к слову «крохотка». Даля оно трактуется как «кроха, крошка». Вероятнее всего, Крохоткой назвали младшего ребенка в семье. Следует отметить, что имена, указывавшие на порядок рождения детей, были распространены на Руси. Также на исключено, что именование Крохота было именем, прозвищем, которое получил невысокий человек. В этом случае оно указывало на особенности внешности его носителя.