Фамилия Крохотин — одна из тех, что образована от мирского имени, то есть нецерковного прозвища, которое давали в быту. Основа здесь — имя Крохота, а оно, в свою очередь, восходит к слову «крохотка». В словаре В. И. Даля «крохотка» — это кроха, крошка, мелочь. Логика прозвища понятна: скорее всего, так называли самого младшего ребёнка в семье, «кроху», последыша. Традиция давать имена по порядку рождения (Первой, Второй, Меньшой, Последыш) была на Руси обычным делом, поэтому версия с младшим ребёнком — самая прямая и правдоподобная.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Крохотин буквально означает «сын Крохоты» или «из семьи Крохоты». Это стандартная модель для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Впрочем, возможен и другой вариант. Невысокого, мелкого человека тоже могли дразнить Крохотой. В этом случае прозвище указывало бы на внешность, а не на возраст. Обе версии имеют право на жизнь, и в конкретной семье истинная причина могла быть любой из двух — или даже они действовали вместе: младший сын часто вырастал невысоким.

Фамилия эта довольно редкая, искать её массовую географию сложно. Но сам механизм образования — прозвище плюс притяжательный суффикс — один из самых архаичных и распространённых в русском ономастиконе. Точно сказать, когда и где именно Крохотины появились впервые, сейчас нельзя: фамилии в разных слоях населения формировались на протяжении нескольких столетий. Однако ясно, что перед нами не случайное сочетание звуков, а меткое прозвище, закрепившееся в роду, — будь то из-за маленького роста родоначальника или из-за того, что он был «крохой» для своих родителей.