Фамилия Крупененков — один из тех случаев, где за привычным русским окончанием скрывается южное, украинское происхождение. Её основа — прозвище Крупенка, которое на родине предка звучало бы как Крупенко. А суффикс -енков как раз и выдаёт русификацию: на территориях, граничащих с Украиной, и в среде донского казачества украинские фамилии на -енко часто переделывали на русский лад, добавляя -ов. Так Крупенко превращался в Крупененкова.

Само прозвище Крупенка восходит к слову «крупа». Но за этим корнем стоит не одно, а как минимум три разных значения, и каждое могло дать фамилию. Самое распространённое объяснение — насмешливое прозвище солдата, особенно отставного. В народе крупа ассоциировалась с казённым пайком, скудным солдатским довольствием, поэтому «Крупенкой» могли дразнить служивого.

Второе значение — ласковое. В некоторых говорах «крупа», «крупинка» означало нечто очень маленькое, крошечное. Так могли называть малыша, младенца — примерно как сейчас говорят «кроха». Прозвище в этом случае закреплялось за человеком, который был маленького роста или просто младшим в семье.

Третья версия — самая прямолинейная: прозвище мог получить любитель каши, тот, кто ел её часто и помногу. Такие «гастрономические» прозвища на Руси были не редкостью.

Выбрать одну версию сложно, но наиболее правдоподобной выглядит первая — «солдатская». Во-первых, она зафиксирована в словарях русских прозвищ. Во-вторых, фамилия явно бытовала в казачьей среде, где военная тема была повседневной. Казак Крупенка — звучит естественно. А вот называть маленького ребёнка Крупенкой на постоянной основе, чтобы прозвище перешло в фамилию, — случай более редкий.

Если смотреть на словообразовательную модель, то Крупененков — это типичная «южнорусская» фамилия. В центральных и северных областях России от того же прозвища образовали бы Крупенкина (суффикс -ин) или Крупенкова (-ов напрямую). Форма с двойным суффиксом -енк-ов — маркер территории, где украинский язык встречался с русским. Поэтому, скорее всего, предки Крупененковых жили на границе современной Украины и России, в областях бывшего Слобожанщины или на Дону.