Фамилия Крупененкова — вариант мужской фамилии Крупененков, и её разбор стоит начать с прозвища Крупенка. В основе лежит слово «крупа», но смыслов у этого прозвища было несколько. В старину Крупенкой насмешливо называли солдата, особенно отставного — возможно, из-за скудного пайка или ассоциации с казенной крупяной похлебкой. Однако это же слово служило ласковым прозвищем для маленького ребенка, как современное «кроха». Нельзя исключать и бытовую версию: прозвище могли дать любителю каши.

Главная особенность фамилии — её происхождение на стыке русской и украинской традиций. Суффикс -енк(о) типичен для украинских фамилий, но здесь он оформлен по-русски: окончание -ов вместо украинского -о. Такая русификация характерна для южных территорий, граничащих с Украиной, и для донских казаков. Поэтому предок Крупененковых мог быть выходцем с этих земель или казаком.

Модель образования проста: прозвище Крупенка — Крупененков — Крупененкова. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Крупенки». Со временем фамилия закрепилась за потомками, и её женская форма Крупененкова стала передаваться по наследству.