Фамилия Крупененков образована от прозвища Крупенка. В основе лежит нарицательное «крупа», но значение прозвища, скорее всего, было переносным. В старину Крупенкой насмешливо называли солдата, особенно отставного — возможно, за скудный паёк или любовь к каше. Однако у этого прозвища был и другой смысл: так могли назвать маленького ребёнка, то есть «кроху», «крупеничку».

Особенность фамилии — в суффиксе. Форма Крупененков — это русифицированный вариант украинской или южнорусской фамилии. Если бы она формировалась по северному образцу, мы бы увидели суффикс «-ин» (Крупенкин). А здесь цепочка иная: основа Крупен- + украинский уменьшительный суффикс «-енк(о)» + русский патронимический «-ов». Такие гибридные формы характерны для территорий, граничащих с Украиной, и для земель донских казаков. Именно среди казачества фамилии с суффиксом «-енко» нередко получали русское окончание «-ов», закрепляясь в официальных документах.

Сам прозвищный корень «Крупен-» встречается и в других фамилиях: Крупенин, Крупеников, Крупнов, Крупский. Но модель Крупененков — одна из самых редких. Она показывает, что предок носителя фамилии жил на стыке двух культурных традиций, где украинское прозвище «Крупенко» было адаптировано под русскую фамильную систему.