Фамилия Круподеря звучит как прозвище, застывшее в родительном падеже. Её основа — «Круподер», а окончание «-я» указывает на принадлежность: «сын Круподера» или «из семьи Круподеров». В говорах «круподер» — это не просто человек, а конкретное ремесло: тот, кто дробит крупу, то есть работает на крупорушке. Такие мастера были востребованы в деревенском быту, где крупу для каши не покупали в магазине, а делали сами из зерна.

Слово «круподер» составное: «крупа» (зерно, очищенное от оболочки) и «драть» (отдирать, дробить). В украинском и южнорусских говорах «круподер» — это и название профессии, и прозвище сильного, грубоватого человека, который «дерёт» крупу, а заодно и обидчиков. Фамилия могла закрепиться за самим ремесленником, а могла перейти к его потомкам как указание на род занятий.

По модели образования Круподеря стоит в ряду фамилий типа Дерюга, Гуляка или Шулепа — с тем же суффиксом-окончанием «-я», характерным для украинских и белорусских фамилий. Встречается она в основном на юге России, в Черноземье и на Кубани, где сильны украинские диалектные влияния. В официальных документах XIX века могли записать и как Круподер, и как Круподеря — в зависимости от того, как говорил сам носитель или писарь.

Однокоренные фамилии — Круподеров, Круподер, Круподерка — все восходят к тому же корню. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с «-дер» в основе (Дерюгин, Кожедер) отмечена как продуктивная для прозвищ по занятию. Споров о происхождении тут почти нет: прозвищная профессия — самая надёжная версия. Редкость фамилии объясняется узостью ремесла — круподеров в каждом селе было немного.