Фамилия Крушков образована от прозвища или мирского имени Крушок, а то, в свою очередь, — от слова «крушок». В южнорусских и украинских говорах «крушок» — это старинное название груши (сравните с украинским «круша»). Таким образом, Крушковым могли назвать либо человека, занимавшегося разведением груш или торговлей ими, либо того, кто был похож на грушу — например, коренастого, плотного человека. Версия с фруктом — самая прямая и правдоподобная, она встречается в работах по славянской ономастике.

Менее вероятна, но не исключена связь с глаголом «крушить» — ломать, рушить. В этом случае прозвище Крушок мог получить человек грубой силы, ломовой работник или, напротив, буян. Однако в фамилиях на -ов/-ев основа обычно восходит к существительному, а не к глагольной форме напрямую, поэтому «грушевая» версия выглядит убедительнее.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий как притяжательных прилагательных: «чей?» — Крушков, то есть сын или потомок Крушка. Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где слово «круша» было в ходу. В центральных и северных областях грушу называли иначе, и там Крушковы встречаются реже.

Двойственность корня (плод или действие) породила и несколько однокоренных фамилий: Крушин, Крушев, Крушницкий. Но Крушков отличается именно суффиксальным оформлением — это не вариант на -ин (как в Крушине, от женской основы «Круша»), а форма от мужского прозвища Крушок.