Фамилия Крузе в большинстве случаев имеет немецкие корни и ведет происхождение от прозвища Kruse, что по-немецки значит «кувшин». Скорее всего, предок носителя этой фамилии был гончаром, либо торговал глиняной посудой. Такие прозвища по роду занятий — «говорящие» фамилии — были распространены в немецкоязычных землях, и при переселении в Россию, Прибалтику или другие регионы они часто сохраняли исходную форму без адаптации. Суффикс -е в данном случае не является русским патронимическим окончанием, а указывает на нижненемецкое произношение и написание фамилии.

Реже встречается версия, связывающая фамилию с английским словом cruise — «совершать морское путешествие». Согласно этой гипотезе, прозвище могли дать страннику или человеку, много путешествовавшему по морю. Однако эта версия менее правдоподобна: в английской ономастике фамилия Cruise встречается, но её распространение в России и Восточной Европе значительно уступает немецкому варианту.

Географически фамилия Крузе чаще всего фиксируется среди потомков немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, а также в среде остзейского дворянства. Встречается она и у обрусевших немцев, которые сохранили написание без изменений. В отличие от многих русских фамилий, Крузе не имеет суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский), поэтому её форма остаётся неизменной и в мужском, и в женском роде — это типичная черта для фамилий западноевропейского происхождения.