Фамилия Кружникова — женская форма фамилии Кружников, и её ключ — в основе «кружник». В отличие от многих фамилий, образованных от профессий или имён, эта отсылает к социальному явлению, которое было особенно заметно в XVII–XVIII веках. Кружниками в России называли участников тайных собраний — «кружков», где обсуждали религиозные, политические или просто неформальные дела. Чаще всего это слово связывают со старообрядцами и сектантами, которые собирались втайне от властей и официальной церкви. Прозвище Кружник мог получить человек, который ходил по таким сходкам, организовывал их или просто был известен как завсегдатай закрытых встреч.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («чей сын?»). Значит, Кружников — сын Кружника. Суффикс -ник здесь — типичный для обозначения человека по его занятию или склонности (сравните: «пьяница» — пьян-ник, «охотник» — охот-ник). В этом смысле фамилия родственна не таким очевидным, но однокоренным: Кружков (от «кружок»), Кружалов (от глагола «кружить»), хотя семантика у них разная.

Географически фамилия Кружникова не привязана к одной местности — она встречается и на севере, и в центральных областях, но чаще в регионах, где были сильны старообрядческие общины: на Урале, в Заволжье, в Сибири. В переписных книгах XVIII века можно найти крестьян и посадских людей с этой фамилией — сословной привилегированности у неё не было. В дворянские родословные Кружниковы не попали, что подтверждает народное, незнатное происхождение.

Встречается и бытовая версия: в некоторых говорах «кружником» называли человека, который любил выпить в компании — «кружка» как мера жидкости. Это менее вероятно, но полностью исключать нельзя: прозвища часто строились на иронии. Однако, учитывая исторический контекст и устойчивость слова «кружок» в значении «тайное собрание», религиозно-общественная версия выглядит убедительнее.