Фамилия Крупникова — женская форма фамилии Крупников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Крупник. Прозвище это напрямую связано со словом «крупа» — то есть мелко размолотые или дроблёные хлебные зёрна. Чаще всего Крупником называли человека по роду занятий: крестьянина, который сеял и растил хлеб, мельника, перемалывавшего зерно, или торговца крупами на рынке. Кроме того, Крупником могли называть того, кто варил или продавал крупеничку — старинное блюдо из крупы с творогом или яйцом.

Но есть и другая, менее очевидная версия. В народе «крупником» иногда в переносном смысле называли человека маленького роста или совсем юного, «крошку» — как бы уменьшительное от «крупинка». Эта версия объясняет прозвище не ремеслом, а внешностью или возрастом.

Модель образования фамилии простая: к основе Крупник добавился типичный русский суффикс принадлежности -ов, а затем — окончание -а, указывающее на женский род. То есть Крупникова буквально значит «жена или дочь Крупникова» (из семьи Крупниковых). Фамилия встречается в центральных и южных регионах России, где было распространено земледелие и торговля зерном. Встречаются и однокоренные фамилии: Крупник, Крупников, Крупкин — все они восходят к тому же корню «круп-».