Фамилия Крупнин — типичный пример «профессионального» прозвища, закрепившегося в роду. В её основе лежит слово «крупа» — продукт, знакомый каждому на Руси. Прозвище Крупня могли дать по роду занятий: крестьянину, растившему зерно, мельнику, его перемалывавшему, или торговцу, который крупу продавал. Менее очевидная, но бытовая версия связывает прозвище с блюдом — крупеничкой (кашей), так могли называть того, кто её готовил или очень любил.

Интересно, что в народе прозвище Крупня могло иметь и переносный смысл. Словом «крупа» иногда называли что-то мелкое, дроблёное. Поэтому Крупнёй могли в шутку окликнуть человека маленького роста («крошку») или незрелого юнца. Эта версия менее вероятна, чем ремесленная, но полностью исключать её нельзя — прозвища часто бывали двусмысленными и ироничными.

Фамилия образована по простой и продуктивной модели: к основе Крупн- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Крупни). Такая модель была типична для северных и центральных областей России. Носители фамилии Крупнин, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища по ремеслу были особенно распространены и передавались детям как родовое имя.