Фамилия Крупнин образована от прозвища Крупня. Оно ведет свое начало от нарицательного "крупа" - «крупно смолотые хлебные зерна». Вероятно, прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть быть крестьянином-хлебопашцем, мельником, либо торговцем крупами. Также Крупней могли именовать того, кто занимался изготовлением крупенички. Кроме того, не исключено, что Крупней называли человека небольшого роста или совсем еще незрелого, крошку. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Крупня, со временем получил фамилию Крупнин.