Фамилия Крупнин — одна из тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит слово «крупа», то есть мелко размолотое зерно. Но за этой простой связью скрывается сразу несколько возможных занятий предка.

Скорее всего, прозвище Крупня дали человеку, чья работа была связана с зерном и крупами. Это мог быть крестьянин-хлебопашец, мельник или торговец крупами. Менее очевидный, но возможный вариант — прозвище относилось к тому, кто делал крупеничку (кашу из крупы с яйцом и маслом). В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели образования от названий продуктов и блюд описаны как типичные для «профессиональных» прозвищ.

Однако у слова «крупа» есть и переносное значение — «крошка», «маленький человек». В диалектах «крупня» могло означать нечто мелкое, дроблёное. Поэтому не исключено, что прозвище Крупня дали человеку невысокого роста или совсем юному, незрелому. Такая двойственность — ремесло или внешность — встречается во многих русских прозвищах.

Фамилия Крупнин образована по продуктивной модели на -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Крупнин, то есть сын или потомок Крупни. Мужские прозвища на -я (Крупня, Гуля, Рыжня) в старину были распространены в северных и центральных губерниях России, особенно в новгородских и вятских землях. Именно там чаще всего встречаются фамилии, образованные от таких форм.

Сравните с однокоренными фамилиями: Крупнов, Крупин, Крупников. Крупнов и Крупин — от тех же основ, но с другими суффиксами. Крупников — явно от названия ремесла (крупник — торговец или изготовитель круп). Крупнин стоит в этом ряду особняком: его исходная форма — прозвище, а не прямое название профессии, что делает фамилию более древней по типу образования.

В итоге, Крупнин — фамилия, за которой стоит либо крестьянин или мельник, либо человек маленького роста. Точнее сказать нельзя: письменных источников по конкретному прозвищу Крупня не сохранилось. Но сама модель понятна и прозрачна.