Фамилия Крупник происходит от прозвища, которое, скорее всего, указывало на род занятий или внешность предка. Самая прямая версия связывает её со словом «крупник» — так называли похлёбку с крупой. В этом случае прозвище мог получить либо хороший повар, либо завсегдатай, любитель этого сытного блюда. Однако более правдоподобна другая, ремесленная, трактовка: крупником называли торговца крупой или того, кто занимался её изготовлением, например, делал крупеничку. Учитывая, что суффикс -ник в русских прозвищах часто указывает на профессию (ср. сапожник, плотник, охотник), эта версия выглядит самой убедительной.

Есть и другая гипотеза — от прилагательного «крупный» в значении «большой, рослый». Тогда Крупником могли прозвать физически крепкого, широкоплечего человека. Впрочем, эта версия менее вероятна: прилагательное «крупный» редко становилось основой для прозвища с суффиксом -ник, характерным скорее для деятеля, чем для носителя признака. Тем не менее, полностью исключать её нельзя — в народной речи встречались нестандартные словообразовательные модели.

Интересно, что фамилия Крупник бытует в двух основных ареалах: на западе Украины и в Беларуси, а также среди еврейского населения бывшей черты оседлости. У еврейских носителей фамилия, как правило, образована от той же профессиональной основы — «крупник» как торговец крупой, что подтверждается и данными ономастических словарей. Таким образом, независимо от конкретной версии, ядро фамилии — связь с крупой, крупяным делом или, реже, с внешностью.