Фамилия Кружина — редкий случай, когда прозвище застыло в почти неизменном виде, без типичных фамильных суффиксов -ов, -ев или -ин. Она представляет собой чистую основу, что указывает на её относительно позднее оформление или на происхождение из среды, где фамилии ещё не успели обрасти стандартными окончаниями (например, на Русском Севере, в Сибири или среди казачества). В ономастике такие формы называют «фамилиями-прозвищами» или «нетрансформированными» — они сразу говорят о том, чем человек выделялся.

Корень «круж-» прямо отсылает к глаголу «кружить» или существительному «круг». Самый прямой смысл прозвища Кружина — «тот, кто кружит», «непоседа», «вертлявый человек». В диалектах слово «кружина» могло означать водоворот, омут или извилистую тропу — тогда прозвище давали человеку, жившему у такого места, либо тому, кто путал следы, сбивал с пути. Есть и другая, менее очевидная версия: связь с древнерусским «кружити» в значении «обходить», «окружать». В этом случае Кружиной могли называть дружинника, который «кружил» вокруг врага, или же старосту, собиравшего («окружавшего») людей на сход.

Словообразовательная модель здесь проста: основа «круж-» + суффикс -ин(а). В отличие от фамилий на -ин, образованных от имён (Иван — Иванов, но Иванин — от Ивана в значении «сын»), суффикс -ина в данном случае не патронимический, а оформляет само прозвище как имя собственное. Это сближает Кружину с фамилиями типа Шишка, Губа или Молния — они указывают на признак, а не на родство.

Географически фамилия встречается точечно: её фиксируют в архангельских и вологодских говорах, а также в казачьих списках. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные бессуффиксные формы от глагольных корней отмечены как характерные для северорусской традиции. Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одного или двух родов, разошедшихся по стране в XIX–XX веках.

Сравните с однокоренными фамилиями: Кружков, Кружилин, Кружалов. Первая образована от прозвища Кружок (маленький круг, либо человек с круглым лицом), вторая — от диалектного «кружило» (инструмент для черчения кругов, а также пьяница — от «кружить голову»). Кружина стоит особняком: она короче, звонче и не указывает на профессию или внешность, а скорее на характер — подвижный, беспокойный, «кружащийся».