Фамилия Кряковкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кряковки, то есть Кряковкин. Само прозвище Кряковка, скорее всего, восходит к названию птицы — кряквы (лат. Anas platyrhynchos), от которой произошла обыкновенная домашняя утка. Кряква живёт главным образом на пресных водах, особенно стоячих и заросших камышами, днём прячется, а ночью выплывает на открытые места. Это осторожная, но хорошо ныряющая и быстро летающая птица.

Прозвище Кряковка могли дать человеку по двум основным признакам. Первый — по сходству с повадками птицы: отличный пловец, любитель воды или, наоборот, человек, который «ныряет» в делах и появляется незаметно. Второй — по голосу: «крякающий», хрипловатый или гнусавый говор. В русских говорах слово «крякать» имеет и переносное значение — ворчать, брюзжать, что тоже могло закрепиться в прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия — топонимическая. На Украине, в Славяносербском районе Луганской области, существует село Кряковка. Если родоначальник был выходцем оттуда, его могли прозвать Кряковкой по месту жительства, а фамилия закрепилась уже по стандартной схеме. Однако для русских фамилий прозвищная основа от названия птицы встречается гораздо чаще, чем отыменная от малоизвестного села.

Показателен и суффикс фамилии: -ин, а не -ов. Это типично для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я (Кряковка → Кряковкин). Такие фамилии чаще встречались в северных и центральных регионах России, тогда как на юге и в Поволжье активнее был суффикс -ов. Это даёт небольшой, но важный штрих к географии возможного происхождения рода.

Таким образом, перед нами «птичья» фамилия, каких в русском языке немало (Уткин, Гусев, Соколов), но с редкой основой — не просто «утка», а именно «кряква», что сужает круг возможных прозвищ до конкретного поведенческого или голосового признака.