Фамилия Кряковкин — типичный образец «птичьей» фамилии, каких в русском языке немало (Соколовы, Лебедевы, Воробьёвы). Её основа — прозвище Кряковка, которое напрямую связано с уткой-кряквой (лат. Anas platyrhynchos). Кряква — та самая дикая утка, от которой произошла домашняя; птица осторожная, отлично плавает и ныряет, а в конце лета летает кормиться на хлебные поля. Прозвище Кряковка могли дать человеку с хрипловатым, «крякающим» голосом или, что не менее правдоподобно, отличному пловцу — по аналогии с водоплавающей птицей.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Кряковки). В русской ономастике это одна из самых частых моделей, наряду с -ов/-ев. Фамилия Кряковкин буквально значит «потомок Кряковки». Ударение в исходном прозвище, скорее всего, падало на второй слог (Кря́ковка), что и закрепилось в фамилии.

Менее вероятна, но допустима топонимическая версия: на Украине, в Славяносербском районе Луганской области, есть село Кряковка. В этом случае родоначальник Кряковкиных мог получить фамилию не по прозвищу, а по месту, откуда пришёл или где жил. Такие «выезжие» фамилии тоже обычны, но здесь версия с прозвищем выглядит более естественной — птичья тема в фамилиях встречается гораздо чаще, чем перенос названия небольшого села.

Точное время возникновения фамилии Кряковкин установить сложно: массовое закрепление фамилий у крестьян и мещан шло в XVIII–XIX веках, а у служилых людей — и раньше. Однако ясно, что перед нами не случайное сочетание звуков, а живое свидетельство того, как русский язык «оперял» человека метким прозвищем, которое затем закреплялось за целым родом.