Фамилия Кряковцев образовалась от прозвища или нецерковного имени Кряковец. В основе лежит глагол «крякать» или существительное «кряква» — так называют дикую утку-крякву. Прозвище Кряк или Кряковец мог получить человек с хрипловатым, отрывистым голосом, напоминающим утиное кряканье, либо же охотник, промышлявший именно кряквой. В русских говорах слово «кряк» имело и другое значение — «крепкий, коренастый человек», так что возможна и версия, связанная с телосложением.

Суффикс -ец в основе Кряковец типичен для прозвищ, образованных от названий птиц, животных или характерных действий (сравните: Гусев, Соколов — но с другим суффиксальным оформлением). Затем к прозвищу присоединился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность: Кряковцев буквально означал «сын Кряковца» или «потомок Кряковца». Форма на -цев (а не -цов) характерна для северных и центральных русских говоров, где после ц в окончании писали е, а не о.

Фамилия редкая, не имеет массового распространения. Встречается в основном в средней полосе России и на Урале. Известен случай бытования фамилии Кряковцев в Пермской губернии, где в XIX веке записаны крестьяне с такой фамилией. Это указывает на то, что предки носителей были, скорее всего, государственными или помещичьими крестьянами, а не дворянами — дворянские роды с подобной основой почти не фиксируются.

Однокоренные фамилии — Кряков, Крячко, Кряквин — встречаются чаще, но Кряковцев стоит особняком из-за редкой модели словообразования с двойным суффиксом. Именно эта особенность делает фамилию ценной для ономастов: она сохранила архаичную форму прозвища, не переработанную в более привычную «Кряков».