Фамилия Кряковцева — женская форма, а её мужской вариант, Кряковцев, восходит к прозвищу или мирскому имени Кряковец. Это довольно редкая словообразовательная модель: суффикс -ец в основе прозвища, к которому затем добавили типичный русский фамильный суффикс -ов (в родительном падеже — Кряковцев). Чаще всего такие фамилии образовывались от названий жителей определённой местности или от прозвищ, оканчивающихся на -ец, по схеме «чей сын?» — Кряковцев. Таким образом, носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Кряковец.

Корень «кряк» в русских говорах многозначен, и это даёт две основные версии происхождения. Первая, самая прозрачная, — звукоподражательная: «крякать», как утка. Прозвище Кряковец могли дать человеку с хрипловатым, сиплым голосом, напоминающим утиное кряканье. Вторая версия, не менее правдоподобная, связана с диалектным словом «кряк» — в некоторых регионах так называли утку-крякву, а в переносном смысле — неуклюжего, медлительного или, наоборот, вразвалочку ходящего человека. Реже «кряк» могло означать «сук», «коряга» (от общеславянского «кръкъ»), тогда прозвище относилось к человеку крепкому, коренастому.

Географически фамилия Кряковцев (и Кряковцева) тяготеет к северным и центральным областям России, особенно к бывшим Вятской, Пермской и Костромской губерниям. В этих краях слово «кряковец» могло бытовать как местное прозвище для жителя конкретного хутора или починка, названного, в свою очередь, по утиному озеру или болоту. Фамилия не относится к дворянским или широко распространённым купеческим — скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди, и закрепилась она в среде, где прозвища давали по яркой внешней или голосовой примете.