Фамилия Кряквин образована от мирского имени или прозвища Кряква. В древнерусской традиции имя Кряква давали ребёнку, чтобы природа приняла его как своего: считалось, что вместе с именем к человеку переходят полезные качества животного. Кряква — это дикая утка (лат. Anas platyrhynchos), родоначальница домашних уток. Птица эта осторожная, быстро летает, хорошо ныряет, днём прячется, а ночью выходит кормиться, в конце лета часто летает на хлебные поля. Живёт на пресных водоёмах, особенно стоячих и заросших камышом, хотя во время перелёта держится и у морских берегов.

Есть и другое объяснение. Прозвище Кряква могли дать отличному пловцу или человеку с необычным, «крякающим» голосом. Какая из версий ближе к истине для конкретной семьи — теперь уже не установить, но обе имеют право на существование.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кряквин буквально означает «сын Кряквы» или «из рода Кряквы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я. Фамилия не относится к числу редких, но и массовой не стала — в основном встречается в центральных и северных областях России, где охота на водоплавающую птицу была распространённым промыслом.