Фамилия Крючерко — редкий случай, когда украинская модель образования накладывается на основу, которая может быть и русской, и немецкой, и польской. Суффикс -енко (в украинской традиции — «малый», «сын», «потомок») указывает на южное, малороссийское происхождение фамилии. Встречается она преимущественно на территории современной Украины и в южных областях России, куда шли миграционные потоки в XVIII–XIX веках.

Корень Крюч- отсылает к слову «крюк» или «крючок». В восточнославянских говорах это слово имело много значений: изогнутый предмет, орудие для ловли рыбы, часть снаряжения, а в переносном смысле — хитрый, изворотливый человек. Поэтому первая версия происхождения прозвища Крюк или Крючок — по роду занятий. Предок мог быть рыбаком, кузнецом, делавшим крюки, или даже сборщиком податей (крючок в значении «придирка», «зацепка» для вымогательства). В старину на Руси «крючками» называли и подьячих, которые «цеплялись» к каждой букве закона.

Вторая версия, менее очевидная, но возможная для фамилии с таким окончанием, — это связь с немецкой фамилией Krüger (Крюгер), что значит «гончар» или «трактирщик». В XIX веке на юге Российской империи было много немецких колонистов, и фамилии часто адаптировались на местный лад. Крюгер мог превратиться в Крюченко или Крючерко через народную этимологию, когда непонятное немецкое слово переосмыслили под знакомое «крюк». Правда, для фамилии Крючерко это скорее гипотеза, чем доказанный факт: суффикс -ер- в основе (Крюч-ер-ко) встречается реже, чем просто Крюченко.

Третья, самая простая версия — от личного имени или прозвища Крючко (уменьшительное от Крюк). В таком случае фамилия Крючерко — это патроним, то есть «сын Крючка». Форма с дополнительным -ер- могла возникнуть под влиянием польского или белорусского произношения, где сочетание -чк- иногда переходит в -чр- (диалектное «крючок» → «крючор»). Однако это редкое явление, и скорее всего, написание закрепилось случайно, из-за особенностей местного говора или ошибки писаря.

В любом случае, носитель фамилии Крючерко — потомок человека, которого в его окружении выделяли по какой-то характерной черте: либо по профессии, связанной с крюками, либо по цепкому, «крючковатому» характеру. Сословно фамилия не элитарная — такие прозвища давали крестьянам, казакам, ремесленникам. Дворянских родов Крючерко в Российской империи не зафиксировано.