Фамилия Крыженковы — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ов скрывается южно- или западнославянский след. Её основа — прозвище Крыж, которое напрямую связано со значением «крест». Слово «крыж» (ср. украинское «криж», белорусское «крыж», польское «krzyż», чешское «kříž») встречается во многих славянских языках. По данным этимологов, в том числе Макса Фасмера, оно имеет романское происхождение и восходит к слову croge, бытовавшему на территории Аквилеи и Венеции; появление гласного «и» лингвисты (Миккола, Мейе) объясняют влиянием согласного «р».

В древности прозвища, связанные с крестом, несли особую смысловую нагрузку. Крест — один из древнейших сакральных знаков, главный символ христианства и монограмма имени Христа. У славян знак креста выполнял и охранительную функцию: им отмечали опасные или почитаемые места, чертили на дверях на Крещение, вырезали на каравае хлеба, ставили на границе села или у очага. Вполне вероятно, что прозвище Крыж давалось как оберег — родители надеялись, что мальчик вырастет благовоспитанным и отзывчивым.

Сама фамилия, скорее всего, сформировалась на территории Белоруссии: на это указывает суффикс -енко, характерный для украинско-белорусского ономастикона. Первоначальная форма — Крыженко. Со временем, после переезда рода в Россию, фамилия обрусела: к ней добавили типичный русский суффикс -ов, и она приняла современный вид — Крыженковы.

Фамилия редкая, поэтому в исторических документах встречается нечасто. Тем не менее известны её носители — участники Великой Отечественной войны: Крыженков Андрей Павлович (1924 г. р.) и Крыженков Андрей Павлович (1922 г. р.) упоминаются в списках победителей. Таким образом, за фамилией стоит не просто прозвище со значением «крест», а история миграции из Белоруссии в Россию и память о предках, защищавших страну.