Фамилия Кубишин (а также её вариант Кубишины) — это русская фамилия, образованная по стандартной модели с суффиксом -ин. Она происходит от имени или прозвища Кубиша. В основе лежит либо древнерусское нецерковное имя Куба (из глагола «кубить» — ладить, устроить, а также колдовать), либо прозвище от слова «куб» — большой котёл или сосуд для перегонки. В таком случае Кубишей могли называть бочара, медовара или винокура.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кубишин буквально означал «сын Кубиши» или «человек из семьи Кубиши». Такая модель типична для северных и центральных русских земель, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге. Встречается и вариант написания Кубишин — с двумя «и», что могло возникнуть под влиянием польской или украинской орфографии, хотя сама фамилия остаётся славянской по корню.

В ономастике восточных, западных и южных славян есть много аналогичных фамилий: Куба, Кубов, Кубеев, Кубик. Фамилия Кубишин — более редкая, что делает её ценным источником для семейной истории. Она могла закрепиться в конкретной местности и передаваться из поколения в поколение, сохраняя память о занятиях или прозвище основателя рода. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, но уже сейчас ясно: её корни — в быту и языке славянского мира.