Фамилия Кубишта — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на иноязычную основу. Скорее всего, перед нами фамилия с западнославянскими или балтийскими корнями, а её носители могли происходить из регионов, где этнические границы были подвижны: Польша, Чехия, Беларусь, Литва или Украина.

Ключ к разгадке — в основе «куб-». В славянских языках это слово имеет несколько значений. Самое очевидное — «куб» как геометрическая фигура или предмет. Однако в польском и чешском языках «kub» или «kuba» — это уменьшительное от имени Якуб (русский аналог — Яков). Таким образом, Кубишта могло быть прозвищем, образованным от имени: «Куба» + суффикс «-ишта». Суффикс «-ишта» в южнославянских и западнославянских языках часто придаёт слову значение «сын» или «потомок» (как сербское «-ич» или польское «-иц»). То есть Кубишта — это «потомок Кубы» или «сын Якуба».

Есть и вторая, менее вероятная, но возможная версия: прозвище могло быть связано с ремеслом. В старых диалектах «куб» или «куба» могло означать бочку, кадку или меру сыпучих тел. Тогда Кубишта — это бондарь, человек, делавший бочки, или же тот, кто торговал сыпучими товарами на меру. Однако в пользу «имени» говорит то, что фамилии на «-ишта» гораздо чаще образовывались именно от личных имён, чем от названий предметов.

Географически фамилия Кубишта встречается в основном на западе Украины (Волынь, Галиция) и в юго-восточной Польше. Это соответствует ареалу, где смешивались украинские, польские и, возможно, еврейские ономастические традиции (у евреев-ашкеназов также есть фамилии от имени Яков, но обычно с другими окончаниями). Судя по всему, фамилия возникла не в центральной России, а на землях бывшей Речи Посполитой, и её носители — потомки крестьян или мещан, получивших прозвище по имени отца или деда.