Фамилия Кубишин образована по распространённой у славян модели: к основе прибавляли суффикс -ин, который указывал на принадлежность — «чей?» — и означал «сын такого-то» или «человек из рода такого-то». В данном случае это суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я. Исходная форма — Кубиша. Так могли называть человека в быту, используя уменьшительно-ласкательный или обиходный вариант какого-либо имени.

Скорее всего, в основе лежит имя Куба — народная форма христианского имени Иаков (в русской традиции Яков). Иаков восходит к древнееврейскому имени, означающему «следующий по пятам». На русской почве это имя дало множество производных: Якуб, Куба, Кубик, Кубиша. Таким образом, Кубишин — это буквально «сын Кубиши», то есть потомок человека, которого звали Куба или Кубиша. Это типичная «патронимическая» фамилия, каких много у всех славянских народов: от той же основы образованы, например, фамилии Кубин, Кубиков, Кубицкий.

Встречается и другая версия происхождения основы. В южнославянских языках, особенно в болгарском и сербском, слово «куба» могло означать «дом, строение», а «кубиша» — человека, связанного с постройкой или владением домом. Однако для русской фамилии эта версия менее вероятна: суффикс -ин в русском языке почти всегда присоединяется к личному имени или прозвищу человека, а не к нарицательному существительному в такой форме.

Фамилия Кубишин — относительно редкая. Её географические корни, скорее всего, лежат в западнорусских или белорусских землях, где были распространены формы имени Яков через «Кубу». Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Кубишин, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян — везде, где патроним на -ин был продуктивным способом называть род.