Фамилия Кубитаева — тюркская по происхождению, и её основа, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. Корень «Кубит» (варианты: Кобут, Кубат) встречается у многих тюркских народов, особенно у казахов, киргизов и народов Северного Кавказа. Самая вероятная версия связывает его с арабским словом «кувват» — «сила», «мощь». В тюркской среде это слово давало имена со значением «крепкий», «могучий», часто как пожелание мальчику вырасти сильным. В этом случае Кубитаев — потомок человека по имени Кубит (Кубат).

Обратите внимание на формант «-ев». В русской традиции фамилии на «-ев», как и на «-ов», образуются от основ, оканчивающихся на согласный или «й». Однако здесь суффикс присоединился к основе, которая в исходном тюркском языке могла оканчиваться на гласный (например, Кубита). При переходе в русскую среду фамилия адаптировалась: к основе «Кубит» добавили стандартный русский патронимический суффикс, а конечное «-а» в исходном имени (Кубита) отсеклось. Это типичная модель для фамилий, которые оформились в XIX–XX веках у оседлых тюркских народов, попавших в сферу русского делопроизводства.

Географически фамилия Кубитаева наиболее характерна для северокавказского региона, в частности для Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Встречается она и у казахов. У балкарцев и карачаевцев есть имя Кубат (или Кобут), которое считается одним из древних, доисламских, иногда связываемых с эпическими героями. Также существует версия, что в некоторых тюркских диалектах «кубит» могло означать «собака» (в значении «преданный», «верный» — как обережное имя), но это менее распространённое толкование, уступающее версии «сила».

Фамилия Кубитаева — женская форма. Мужской вариант — Кубитаев. Сословно такие фамилии чаще всего принадлежали к крестьянскому или воинскому сословию (уздени у кавказских горцев), но не к княжеской знати. В любом случае, предок носителя фамилии был известен в своей общине как Кубит (силач) или носил имя Кубита, а его дети по русскому обычаю стали Кубитаевыми.