Фамилия Кубленко хорошо вписывается в круг украинских фамилий, образованных по патронимической модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках активно использовался на землях современной Украины для обозначения потомка по отцу: Кубленко — буквально «сын Кубы» или «потомок Кубы». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в документах раньше, -енко долго сохраняло прямую связь с отчеством и лишь позже превратилось в наследственную фамилию.

Основа — Кубло, Кубла или Кубля. В украинских говорах слово «кубло» (или «кубело») имеет несколько значений: гнездо, логово, но также и неопрятное жильё, берлога. Прозвище Кубло могли дать человеку, который жил в тесноте и беспорядке, либо, наоборот, тому, кто обустраивал жильё в глухом месте — в лесу, у воды. Есть и другая, менее бытовая версия: в западноукраинских диалектах «кубло» иногда называли большой плетёный короб для зерна или сена, а прозвище могло относиться к корзинщику или крестьянину, торговавшему такой тарой.

Встречается фамилия и в варианте Кублянко, что указывает на возможную связь с топонимом — например, с селом Кубля или Кублово. В таком случае Кубленко — выходец из места, где в названии звучит тот же корень. В польских и белорусских землях известна фамилия Кубло, а на юге России — Кублин, что подтверждает: речь не о единичном случае, а о распространённой модели прозвищ от «кубла».

Сословно Кубленко — скорее всего фамилия крестьянская или казацкая. В реестрах Войска Запорожского XVII века встречаются прозвища с тем же корнем, хотя сама фамилия Кубленко в старых списках не так частотна, как, скажем, Шевченко или Коваленко. Это говорит о том, что она оставалась локальной, привязанной к определённому региону — вероятно, Полтавщине или Черниговщине, где суффикс -енко был особенно популярен.

Сегодня Кубленко — фамилия редкая, но не исчезнувшая. Её носители живут в основном на востоке Украины и в южных областях России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX — начале XX века. Ударение, судя по произносительной традиции, падает на второй слог: Кубле́нко.