Фамилия Кубышенкова — женская форма от Кубышенков, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или имени Кубыш. Основа здесь — слово «кубышка». В словаре Даля «кубышка» — это не только кувшин с узким горлом, но и денежная копилка, и даже название некоторых растений. Однако в основе фамилии, скорее всего, не предмет, а человек.

Вероятнее всего, Кубышей прозвали полного, приземистого человека — «кубышка» в переносном смысле означала нечто толстое и короткое. Такое прозвище давали человеку крепкого телосложения, невысокого роста с округлой фигурой. В ономастике известна фамилия Кубышев, и Кубышенков — её патронимический вариант с двойным суффиксом: сначала -енк (уменьшительный или указывающий на принадлежность к младшему поколению), затем -ов (притяжательный). Модель «Кубыш + енк + ов» говорит о том, что предок носителя фамилии был сыном или внуком Кубыша.

Суффикс -енков характерен для фамилий южнорусских и белорусских земель, особенно для территории бывшей Слобожанщины (современные Харьковская, Сумская области Украины и прилегающие районы России). В этих краях фамилии на -енков так же распространены, как на севере на -ев и -ов. Таким образом, корни Кубышенковых, скорее всего, ведут в среднюю полосу России или в украинское пограничье.

Встречается фамилия и в форме Кубышёнков — с буквой «ё» под ударением. Это не ошибка, а фонетический вариант: в говорах «кубышка» могла произноситься как «кубышка» или «кубышёнка», что и дало разницу в написании. Оба варианта считаются правильными, но в паспортах и документах закрепилась форма через «е».

Редкий суффикс -енков в сочетании с неочевидным корнем делает фамилию Кубышенкова одной из тех, что не сразу поддаются расшифровке. Но если отбросить суффиксы, остаётся ясное прозвище: предок был похож на кубышку — плотный, коренастый, возможно, запасливый.