Фамилия Кудинев — редкий случай, когда суффикс -ев не указывает на отчество от крестильного имени. Основа здесь — прозвище Кудиня, которое восходит к глаголу «кудить» (в диалектах — «проказничать, шалить, делать неладное») или к прилагательному «кудный» (сварливый, вздорный). В говорах Архангельской, Вологодской и Вятской губерний «кудя» — человек, который ссорится без повода или делает всё наперекор. Так что первый Кудинев, скорее всего, получил фамилию не по имени отца, а по характеру: его предка дразнили Кудиней за неуживчивый нрав.

Модель образования — типичная русская патронимическая, но с необычной основой. Обычно суффикс -ев присоединяют к основам на мягкий согласный (Иван — Иванов, Пётр — Петров), а здесь — к прозвищу Кудиня, где конечный -я перешёл в -ев по тому же правилу, что и в фамилиях Злобин (от Злоба) или Суетин (от Суета). То есть грамматически Кудинев — это «чей?» — сын Кудини.

География фамилии узкая. Основные очаги — юг Вологодской области (Тотемский, Никольский районы) и север Костромской (Вохомский, Павинский районы). В переписях XVII–XVIII веков фамилия не встречается — это говорит о её позднем закреплении, вероятно, в середине XIX века, когда крестьянам массово давали фамилии по уличным прозвищам. Кудиневы из Вологодчины — почти наверняка потомки государственных (черносошных) крестьян, а не помещичьих.

Интересная деталь: в тех же местах бытует фамилия Кудинов — от имени Кудим (производное от Никодим). Кудинев с ней не родственен: разные суффиксы и разная этимология. Если ваш предок записан как Кудинев, а не Кудинов, это почти стопроцентно указывает на прозвищное происхождение, а не на церковное имя. В современных справочниках фамилия не упоминается — носителей немного, и все они связаны с одним северным регионом.