Фамилия Кудлин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается спорная этимология. В ней нет прозрачного суффикса -ов или -ин, указывающего на отчество от крестильного имени. Вместо этого мы видим суффикс -ин, который в русской модели обычно присоединяется к основам на -а/-я. Но основа здесь — «Кудл-». Это сразу заставляет искать не имя, а прозвище.

Самая вероятная версия отталкивается от слова «кудла» или «кудлы» — так в русских говорах называли космы, спутанные волосы, патлы. Прозвище Кудла или Кудло могли дать человеку с нечёсаной, лохматой шевелюрой. Далее по модели «Кудла → сын Кудлы → Кудлин» и возникла фамилия. Суффикс -ин здесь стандартен: он образует притяжательное прилагательное от личного имени-прозвища на -а. Это типичная севернорусская и центральнорусская модель, распространённая в Новгородской, Вологодской, Костромской губерниях.

Менее убедительная, но встречающаяся версия связывает фамилию с тюркским корнем «куд» — счастье, удача. Однако для этого пришлось бы допустить, что к основе добавили русский суффикс -л- и затем -ин, что усложняет словообразование без веских оснований. В ономастике такие цепочки считаются натянутыми, если нет документальных подтверждений бытования фамилии в тюркоязычной среде. Для Кудлина таких подтверждений нет — фамилия уверенно локализуется в русских регионах.

Интересно, что фамилия Кудлин встречается реже, чем однокоренные Кудлаев, Кудлатый или Кудрявцев. Это говорит о том, что прозвище Кудла не было повсеместным и могло бытовать только в узком кругу говоров. Географически фамилия тяготеет к Вятке и Пермскому краю — регионам, где пересекались севернорусские диалекты и где слово «кудлы» действительно фиксируется словарями. Так что предки современных Кудлиных, скорее всего, были крестьянами из тех мест, а прозвище получили за внешность — неопрятную или просто кудлатую, без отрицательного оттенка.