Фамилия Кугачева — женская форма фамилии Кугачев, а та, в свою очередь, образована от прозвища Кугач. В основе лежит слово «куга» — так в южных и центральных областях России, а также в Поволжье и Сибири называли озерный камыш, рогоз или осоку. Человек по прозвищу Кугач мог быть либо высоким, худым, «тростинообразным» (по внешней ассоциации с тонким стеблем), либо живущим в заросшей камышом местности, либо занимавшимся заготовкой куги — для плетения циновок, корзин или крыш.

Суффикс -ач в русских прозвищах типичен для обозначения лица по характерному признаку или роду деятельности: ср. Ткач, Скрипач, Ловкач. Прозвище Кугач — не ремесленное в строгом смысле, а скорее описательное или локальное. В некоторых говорах «кугачом» могли называть и птицу, гнездящуюся в камышах, — выпь или камышницу, но это менее вероятная версия.

Фамилия Кугачев — типичная «отпрозвищная» фамилия на -ев, возникшая в среде крестьян и мещан: сын Кугача становился Кугачевым. Географически фамилия тяготеет к зонам распространения слова «куга» — Рязанская, Тамбовская, Воронежская области, а также Нижнее Поволжье. Встречается и у донских казаков, что подтверждает её южнорусские корни.

Редкий случай: фамилия могла возникнуть и от тюркского корня, где «куг» или «куга» означало «лебедь» (в некоторых тюркских языках). Тогда Кугач — человек с лебединой статью или прозвище по тотему. Но для русской фамилии Кугачева первая версия — с камышом — выглядит убедительнее: слово «куга» зафиксировано в словаре Даля именно как «озерный камыш», и суффикс -ач в русском словообразовании работает именно с такими основами.