Фамилия Куганова — женская форма фамилии Куганов, и её происхождение связано с тюркскими корнями, что сразу указывает на географию: скорее всего, предки носителей фамилии жили в Поволжье, на Урале или в Сибири, в зоне контакта славянских и тюркских народов. Основа фамилии — слово «куган», которое в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) имеет несколько значений. Самое вероятное — «куган» как «тополь» или «осина»: в татарском «куган» означает «тополь», а в башкирском — «осина». Такое прозвище могли дать человеку высокому, стройному или, наоборот, живущему у тополиной рощи. Менее распространённая версия — связь с тюркским «куган» в значении «жертвенный баран» или «баран-производитель», что могло быть прозвищем упрямого или сильного мужчины.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён: Куганов — буквально «сын Кугана» или «принадлежащий Кугану». В документах XVII–XVIII веков такие фамилии часто фиксировали у служилых людей, крестьян и казаков, особенно в районах, где русские переселенцы смешивались с тюркским населением. Интересно, что фамилия Куганов встречается и у донских казаков, что подтверждает её связь с южными и восточными окраинами России.

Есть и более редкая гипотеза: в некоторых говорах русского языка «куган» могло быть диалектным вариантом слова «кувшин» или «глиняный сосуд» (от тюркского «кумган» — кувшин для воды). Если так, то прозвище мог получить гончар или торговец посудой. Однако эта версия менее убедительна, так как в письменных источниках фамилия чаще встречается именно в тюркоязычных регионах.

В целом, фамилия Куганова — нечастая, с чёткой региональной привязкой к зонам татаро-башкирского влияния. Её носители, скорее всего, потомки людей, получивших прозвище по внешности или занятию, а фамилия закрепилась как русская по форме, но тюркская по смыслу.