Фамилия Кухников образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на -к- с суффиксом -ов. Это значит, что в основе лежит прозвище или профессиональное именование Кухник. Суффикс -ник в восточнославянских фамилиях обычно указывает на человека, связанного с каким-либо предметом, местом или действием: мельник, печник, плотник. В случае с Кухниковым логичнее всего предположить, что Кухник — это тот, кто работает при кухне, то есть повар, стряпух или помощник по кухонной части. В крестьянском и мещанском быту XIX века слово «кухня» могло обозначать не только помещение, но и весь процесс приготовления пищи, так что прозвище Кухник могли дать человеку, который кормил артель, работал в барской кухне или просто любил вкусно поесть.

Есть и альтернативная, хотя и менее вероятная, версия: связь с диалектным словом «кухник» — так в некоторых говорах называли глиняный горшок или крынку для молока. Тогда прозвище могло относиться к гончару или торговцу посудой. Но такая гипотеза уступает первой по частотности: в ономастике гораздо больше фамилий, образованных от названий профессий, чем от названий утвари.

Географически фамилия Кухников встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда. Она не принадлежит к числу массовых дворянских фамилий, а значит, её носители — скорее всего, потомки крестьян, ремесленников или однодворцев центральных и южных губерний России. В написании фамилии устойчиво сохраняется корень «кухн-», что исключает путаницу с омонимичными фамилиями вроде Кухнов или Кухтин, которые имеют другое происхождение.